南投醫院已於112年取得青少年親善照護機構認證，「青少年特別門診」為醫院特別規劃，用以提供青少年醫療及諮詢服務，包含：生理發展、肥胖、青春痘、戒菸、未婚懷孕、安全性行為等保健相關議題。
並於門診就診時注重青少年隱私及感受，協助其面對問題之決策、與家長溝通、安排相關必要諮商等，以增進青少年親善照護。